A relação entre o diretor-geral da Polícia Federal e o ministro da Justiça é, em tese, de subordinação, mas com autonomia de atuação por parte do comandante da PF. É um órgão mantido pela União, mas cuja direção é escolhida pelo governo de ocasião, o que abre brecha para a influência de componentes políticos.
Por exemplo: não está escrito na Constituição ou em alguma regra interna que o ministro tem poder de ingerência na atuação funcional da polícia, mas ele determina sua previsão orçamentária e diretrizes e tem papel decisivo na nomeação do diretor-geral, oficialmente feita pela Presidência da República.
A gestão da polícia foi um dos carros-chefes de Márcio Thomaz Bastos (1935-2014) à frente do Ministério da Justiça, no primeiro mandato do governo Lula, visto como marco rumo a uma maior autonomia da PF. O petista sempre teve simpatia pelo diretor-geral da época, Paulo Lacerda.
Diz o regimento da PF que o órgão é "estruturado em carreira, com autonomia orçamentária, administrativa e financeira, diretamente subordinado ao ministro de Estado da Justiça".
Ao mesmo tempo em que entre as tarefas do diretor-geral está "promover a execução das atividades, ações e operações" da PF, ele deve também "promover a execução das diretrizes de segurança pública estabelecidas pelo ministro".
Uma lei aprovada em 2014 determina que apenas delegados no mais alto nível de carreira podem ser nomeados para dirigir a polícia, uma vitória política do atual diretor-geral, Leandro Daiello, no cargo desde 2010. Até então, a nomeação era de livre escolha da Presidência.
Para setores da polícia, a escolha de seu diretor deveria ser por eleição interna.