Depois de ser rebaixado para a Série B, o Palmeiras passou por momentos complicados na temporada 2013.
O time teve a sua queda decretada no dia 18 de novembro de 2012 ao empatar com o Flamengo por 1 a 1 e ver rivais na luta contra degola somarem pontos.
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A primeira competição que o time disputou foi o Campeonato Paulista de 2013. Foi nesse torneio que a equipe enfrentou a primeira grande turbulência na temporada. Pela 15ª rodada do Estadual, a equipe foi goleada por 6 a 2 pelo Mirassol.
A equipe acabou a fase de classificação em sexto lugar. Nas quartas de final, encarou o Santos, em jogo eliminatória, na Vila Belmiro. Atuou bem, empatou por 1 a 1, mas perdeu na decisão dos pênaltis.
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Na Libertadores, o time enfrentou muitas dificuldades na primeira fase. Depois da derrota para o Tigre por 1 a 0, na Argentina, torcedores arremessaram copos nos jogadores, em um tumulto no aeroporto, e o goleiro Fernando Prass foi atingido por pedaços de vidro.
Na competição sul-americana, o time avançou da primeira fase em primeiro lugar da chave, com três vitórias e três derrotas. Nas oitavas de final, arrancou um 0 a 0 diante do Tijuana, no México, mas perdeu em casa por 2 a 1, em partida que ficou marcada por uma fraco do goleiro Bruno, que não segurou a bola um chute fraco. O Palmeiras acabou eliminado.
Na Copa do Brasil, o Palmeiras entrou nas oitavas de final e perdeu para o Atlético-PR. Venceu o duelo de ida por 1 a 0, mas jogou muito mal no Paraná e foi derrotado por 3 a 0.
Na Série B, o Palmeiras superou os abalos provocados nas outras competições e faz grande campanha. A equipe conquistou o acesso com uma campanha de 21 vitórias, seis empates e apenas cinco derrotas.