Ao ser ordenado bispo auxiliar em 1º de maio de 1964, primeiro Dia do Trabalho sob a ditadura militar, dom Waldyr Calheiros Novaes já deixava claro qual seria sua marca como líder religioso.
Dom Waldyr costumava contar uma anedota sobre sua ordenação. Assim que aceitou ser indicado a bispo, o então papa, João 23, morreu. "Creio que não foi de susto pela minha resposta", disse em entrevista para o livro "O Bispo de Volta Redonda" (FGV).
A indicação pode não ter assustado o papa, mas seu bispado na diocese Barra do Piraí/Volta Redonda (1966-1998) foi motivo de preocupação para os militares.
Em 1967, foi ao quartel pedir para ser preso ao lado de quatro auxiliares detidos por panfletar. "Me considerem preso em solidariedade a eles. Se estão presos por minha causa, eu sou o maior criminoso", afirmou à época.
Também participou de raro episódio de punição a militares por tortura durante a ditadura. Foi autor de um relatório sobre a morte de quatro soldados. Três militares foram expulsos em razão do caso.
Ajudou na fuga de perseguidos políticos e abrigou ex-presos. Um deles foi Jesse Jane, militante da ALN. Segundo ela, o religioso abriu as dependências da diocese para discutir os direitos das mulheres, entre eles o do aborto.
Após a ditadura, manteve sua atuação política. Apoiou a greve de funcionários da CSN, quando três trabalhadores foram mortos pelo Exército, em 1988. Criticou a privatização da empresa e fez denúncias de abuso policial.
Morreu no sábado (30), de falência de múltiplos órgãos, aos 90 anos.
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